Le WWF milite pour la conservation des milieux naturels et semi-naturels dans le canton. Il s'investit notamment pour la protection des tourbières et des pâturages boisés.

Il s'engage auprès des autorités pour qu'elles mettent rapidement en oeuvre l'inventaire des milieux cantonaux dignes de protection (ICOP), comme le Creux-du-Van.

Le WWF s'est également beaucoup investi pour la mise en place de zones de tranquilité pour la faune sauvage. Le résultat de ce travail en collaboration avec les autorités et les associations sportives est le guide des manifestations sportives.